இக்கோயில் சிவகங்கை மறை மாவட்ட தேவகோட்டை சகாய அன்னை பங்கு நிர்வாகத்தின் கீழ் உள்ளது. கடந்த 2007ம் ஆண்டு கிராமத்தின் ஒரு பகுதியினர் உண்டியல், நிர்வாக உரிமை கோரியதில் பிரச்னை ஏற்பட்டது. ரெக்ஸ் தலைமையில் ஒரு பிரிவினர் பங்கு நிர்வாகத்திற்கு ஆதரவாகவும், தாவீது தலைமையில் மற்றொரு தரப்பினர் எதிராகவும் உள்ளனர். இதனால், நான்கு ஆண்டுகளாக திருவிழா தடைபட்டது. தேவகோட்டை ஆர்.டி.ஒ., விழா நடத்த தடை விதித்தார்.இதை எதிர்த்து தாவீது தரப்பினர் ஐகோர்ட் மதுரை கிளையில் வழக்கு தொடர்ந்தனர். இப்பிரச்னையில் சகாய அன்னை பங்கு நிர்வாகம் சம்பந்தப்பட்டிருப்பதால், அவர்களை சேர்த்து விசாரித்து நடவடிக்கை எடுக்கும்படி, மதுரை ஐகோர்ட் கிளை உத்தரவிட்டது. ஆர்.டி.ஓ. விசாரணை: கோர்ட் உத்தரவை தொடர்ந்து தேவகோட்டை ஆர்.டி.ஒ., தங்கவேல் விசாரணை நடத்தினார். பங்கு தந்தை, இரண்டு கோஷ்டியினர், வி.ஏ.ஓ.விடம் விசாரணை நடந்தது. ஆர்.டி.ஒ. உத்தரவில் கூறியிருப்பதாவது: பனிப்புலான்வயல் கிராமத்தில் மாதா கோயில் 2007 ம் ஆண்டு வரை தேவகோட்டை பங்கு தந்தை மூலம் மறைமாவட்ட நிர்வாகத்திடம் இருந்துள்ளது. 2007 ல் பூசல் ஏற்பட்டு, மறைமாவட்ட தலையீடு இல்லாமல் உள்ளது. கோயில் உள்ள இடம் யாருக்கு பாத்தியப்பட்டது என்பதை தேவகோட்டை சார்பு நீதிமன்றத்தில் உள்ள வழக்கு மூலம் தீர்த்துக்கொள்ள வேண்டியது. கோயில் நிர்வாகத்தை பொறுத்த வரை கிறிஸ்துவ திருச்சபை சட்டப்படியும், மரபு படியும் மறைமாவட்ட நிர்வாகத்திற்கு உட்பட்டதால், பனிப்புலான்வயல் மாதா கோயிலும் சிவகங்கை மறை மாவட்டத்திற்கு கட்டுப்பட்டதே. கோயில் நிர்வாகத்தையும் திருவிழாக்கள் நடத்துவதையும் 2006 -07 ல் இருந்தபடி தேவகோட்டை பங்கு தந்தையே நடத்த உத்தரவிடப்படுகிறது.

பங்கு தந்தை நிர்வாகத்தில் எந்த பிரிவினரும் இடைஞ்சல் செய்யக் கூடாது, என அறிவுறுத்தபடுவதாகவும், இந்த உத்தரவு மதுரை ஐகோர்ட் கிளை உத்தரவுபடி விசாரித்து வழங்குவதாகவும் ஆர்.டி.ஒ., தீர்ப்பில் உத்தரவிட்டுள்ளார்.இதை தொடர்ந்து கோயிலை சுற்றி போலீஸ் பாதுகாப்பு போடப்பட்டுள்ளது.